Novel Perahu Kertas ditulis dalam bentuk buku harian dengan tempat menulis yang berbeda-beda ( Amstardam, Jakarta, Bandung, Ubud )
Keenan, seorang remaja pria yang baru lulus SMA, selama enam tahun tinggal di Amsterdam bersama neneknya. Ia memiliki bakat melukis yang sangat kuat, dan tidak mempunyai cita-cita lain selain menjadi pelukis, tapi perjanjiannya dengan ayahnya memaksa ia meninggalkan Amsterdam dan kembali ke Indonesia untuk kuliah. Keenan diterima berkuliah di Bandung, di Fakultas Ekonomi.
Di sisi lain Kugy cewek unik cenderung eksentrik, yang juga akan berkuliah di universitas yang sama dengan Keenan.Kugy menggilai dongeng dan kisah klasik. Sedari kecil ia bercita-cita menjadi seorang penulis dongeng. Ia memiliki sejumlah koleksi buku dongeng, ingin penjadi seorang perancang dongen pun juru dongeng. Namun di tengah impiannya yang menggebu, kenyataan memaksanya sadar bahwa penulis dongen bukan profesi yang banyak menghasilkan materi. Kugy dipaksa untuk menyimpan mimpinya demi sebuah rasionalitas pun realisme. Meski demikian, tokoh Kugy ini tidak patah arang, ia sangat mencintai dunia sastra.
Pertemuan antara kedua tokoh ini tak terlepas dari tokoh lain yakni Noni dan Eko. Noni tokoh pendukung cerita yang merupakan sahabat dekat Kugy. Sementara itu, Eko adalah sepupu Keenan. Pertemuan pertama Kugy dan Keenan adalah momen dimana Eko dan Noni menjemput Keenan yang baru tiba di Indonesia.
Seiring berjalannya waktu, Kugy pun Keenan menjalin persahabatan bersama Eko dan Noni. Diam-diam, mereka saling mengagumi. Kugy yang senang bercerita lewat dongeng merasa takjub bertemu dengan Keenan, seseorang yang mampu bercerita lewat gambar. Mereka diam-diam jatuh cinta dalam diam. Namun, kondisi menuntut mereka untuk terus diam dan menebak. “Diam”-nya mereka terhadap perasaan masing-masing semakin menjadi dikarenakan Kugy telah memiliki pacar bernama Ojos atau Joshua. Sementara itu, Keenan yang belum memiliki pasangan, hendak dijodohkan dengan tokoh bernama Wanda. Wanda sendiri adalah seorang Kurator. Hal ini yang membuat Eko juga Noni bersemangat mendekatkannya dengan Keenan yang jago melukis.
Persahabatan empat sekawan itu mulai merenggang. Kugy lantas menenggelamkan dirinya dalam kesibukan baru, yakni menjadi guru relawan di sekolah darurat bernama Sakola Alit. Di sanalah ia bertemu dengan Pilik, muridnya yang paling nakal. Pilik dan kawan-kawan berhasil ia taklukan dengan cara menuliskan dongeng tentang kisah petualangan mereka sendiri, yang diberinya judul: Jenderal Pilik dan Pasukan Alit. Kugy menulis kisah tentang murid-muridnya itu hampir setiap hari dalam sebuah buku tulis, yang kelak ia berikan pada Keenan.
Kedekatan Keenan dengan Wanda yang awalnya mulus pun mulai berubah. Keenan disadarkan dengan cara yang mengejutkan bahwa impian yang selama ini ia bangun harus kandas dalam semalam. Dengan hati hancur, Keenan meninggalkan kehidupannya di Bandung, dan juga keluargannya di Jakarta. Ia lalu pergi ke Ubud, tinggal di rumah sahabat ibunya, Pak Wayan.
Masa2 bersama keluarga Pak Wayan, yang semuanya merupakan seniman-seniman sohor di Bali, mulai mengobati luka hati Keenan pelan-pelan.
Sosok yang paliung berpengaruh dalam penyembuhannya adalah Luhde Laksmi, keponakan Pak Wayan. Keenan mulai bisa melukis lagi. Berbekalkan kisah-kisah Jenderal Pilik dan Pasukan Alit yang diberikan Kugy padanya, Keenan menciptakan lukisan serial yang menjadi terkenaldan diburu oleh para kolektor.
Kugy, yang juga sangat kehilangan sahabat-sahabatnya dan mulai kesepian di Bandung, menata ulang hidupnya. Ia lulus kuliah secepat mungkin dan langsung bekerja di sebuah biro iklan di Jakarta sebagai copywriter. Di sana, ia bertemu dengan Remigius, atasannya sekaligus sahabat abangnya. Kugi meniti karier dengan cara tak terduga. Pemikirannya yang ajaib dan serba spontan membuat ia melejit menjadi orang yang diperhitungkan di kantor itu.
Namun Remi melihat sesuatu yang lain. Ia menyukai Kugy bukan hanya karena ide-idenya, tapi juga semangat dan kualitas unik yang senantiasa terpancar dari Kugy. Dan akhirnya Remi harus mengakui bahwa ia mulai jatuh hati. Sebaliknya, ketulusan Remi juga akhirnya meluluhkan hati Kugy.
Sayangnya, Keenan tidak bisa selamanya tinggal di Bali. Karena kondisi kesehatan ayahnya yang memburuk, Keenan terpaksa kembali ke Jakarta, menjalankan perusahaan keluarganya karena tidak punya pilihan lain.
Pertemuan antara Kugy dan Keenan tidak terelakan. Bahkan empat sekawan ini bertemu lagi. Semuanya dengan kondisi yang sudah berbeda. Dan kembali, hati mereka diuji. Kisah cinta dan persahabatan selama lima tahun ini pun berakhir dengan kejutan bagi semuanya. Akhirnya setiap hati hanya bisa kembali pasrah dalam aliran cinta yang mengalir entah ke mana. Seperti perahu kertas yang dihanyutkan di parit, di empang, di kali, tapi selalu bermuara di tempat yang sama. Meski kadang pahit, sakit, dan meragu, tapi sesungguhnya selalu tahu.
Diwarnai pergelutan idealisme, persahabatan, tawa, tangis, dan cinta " PERAHU KERTAS " tak lain hanyalah kisah perjalanan hati yang kembali pulang menemukan rumahnya.
